De nos jours, une unité de mercenaires anti-terroriste appelée Mythril lutte contre les régimes autoritaires pour prévenir les guerres civiles et imposer la paix : leurs moyens sont supérieurs à ceux des plus grandes puissances et leurs soldats sont parmi les meilleurs et les mieux entrainés.
Parmi eux, Sagara Sousuke, jeune sergent et pilote émérite de Mythrill, est toujours en charge d'assurer la protection de Chidori Kaname (voir Full Metal Panic et Full Metal Panic? Fumoffu), mais de façon pour le moins peu orthodoxe ! En effet, enfant-soldat depuis son plus jeune âge, il a toujours vécu dans un environnement militaire et ses réponses à la vie quotidienne, que ce soit à l'école ou dans toute autre situation banale, sont pour le moins... bizarres, et surtout très drôles.
Au cours d'une mission de Mythrill dans un pays du Tiers-Monde, l'équipe de Sousuke découvre qu'une organisation inconnue fournit du matériel de pointe à des dictatures locales : un équipement ultra-sophistiqué capable de déjouer la technologie supérieure de Mythrill au point de menacer son existence même...